在 openSUSE Leap 中安装脑科学研究工具 FSL

如果你在用 Windows 的话，想要处理fMRI数据基本上只有 SPM 用，不过如果你在用 Linux 的话，还可以试试 FSL，刚好手边有一台 Linux 服务器就想着装一个 FSL 试试看。结果发现这玩意的安装文档写的跟屎一样，你基本不能跟着文档把软件装好，在折腾了整整一上午后留下这份笔记，希望能对一些和我一样可怜的家伙起到帮助。 ＿ﾉ乙(､ﾝ､)＿

安装必要的包

你需要安装编译 FSL 所必要的全部包，官方教程给的安装列表少了很多包，下面是完整的编译用软件包列表：

# zypper in expat-devel libX11-devel Mesa-libGL-devel zlib-devel libexpat-devel glu-devel vtk-devel vtk
# zypper in http://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/releases/27/Everything/x86_64/os/Packages/s/scl-utils-2.0.2-3.fc27.x86_64.rpm

注意： scl-utils 这个包在 OpenSUSE 的软件源里是没有的，我们需要从其他 RH 系发行版的软件源里面抓。这不是一个安全的安装方式，在安装时你必须清楚的了解自己在做什么。

下载源代码并编译

在这个页面下载 FSL 源代码，并将源代码解压到你的安装目录下：

tar zxf fsl-5.0.0-sources.tar.gz

注意： 在编译安装完 FSL 后，安装目录就不能移动了，因此不推荐将 FSL 的源代码解压到一个临时文件夹下。

修改编译配置文件

打开配置文件 $FSLDIR/config/$FSLMACHTYPE/externallibs.mk，并找到下列条目：

# VTK library
VTKDIR_INC = /home/fs0/cowboy/var/caper_linux_64-gcc4.4/VTK7/include/vtk-7.0
VTKDIR_LIB = /home/fs0/cowboy/var/caper_linux_64-gcc4.4/VTK7/lib
VTKSUFFIX = -7.0

修改为：

VTKDIR_INC = /usr/include/vtk-7.0
VTKDIR_LIB = /usr/lib64/vtk
VTKSUFFIX =

编译安装

配置环境变量：

编辑shell配置文件，假设你在使用的shell是bash，那么我们可以编辑~/.bashrc，如果该文件之前不存在，那么我们可以创建一个新的文件。

在该文件中添加如下内容：

FSLDIR="[FSL的安装目录]"
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

执行下面的命令来重启你的shell：

exec "$BASH"

开始编译：

cd $FSLDIR
./build

执行安装后的软件配置：

$FSLDIR/etc/fslconf/post_install.sh -f $FSLDIR

我在使用的是 OpenSUSE Leap 42.3，如果你在和我使用同样的发行版版本，那么编译过程应当是顺利的。

现在，你可以通过 fsl 或 $FSLDIR/bin/fsl 启用该软件。

你已经成功的部署了 FSL 的运行环境，祝各位安装顺利科研愉快 _(┐「ε:)_……

附注

本文于2018年3月15日有更新，增强了配置的稳定性。